Los backups creados en Modular se eliminan 45 días después de que se hayan creado. 

Independientemente de que se hagan de manera manual o automática.

Para evitarlo, los usuarios PRO pueden marcar hasta un máximo de 3 backups maestros por web. Y estos no se eliminarán nunca salvo que se desmarquen como backups maestros. 

Puedes leer más sobre ello en este artículo.